O Projeto completo compreende a prestação de serviços técnicos especializados de engenharia, arquitetura e meio ambiente. O Projeto da Linha 13 CPTM conta aproximadamente com 13 km, três estações: Eng. Goulart, CECAP e Aeroporto. Esta linha prevê espaço para a linha Expresso Aeroporto e trechos da via permanente no nível do solo e trechos em elevado.
O elevado conta com três seções típicas, a primeira seção apresenta somente duas vias da Linha 13, na proximidade da estação Eng. Goulart. A segunda seção conta somente com uma via da Linha Expresso Aeroporto, no trecho em que o tabuleiro ainda não é compartilhado com a Linha 13. Após a união das linhas 13 e Expresso Aeroporto, apresenta-se um tabuleiro único para as três vias.
O projeto conta com três estações: a estação Eng. Goulard, que fará a integração entre a Linha 12, já existente e a Linha 13 através de mezanino. A estação CECAP, será uma estação nova, de ligação ao terminal de ônibus CECAP, também já existente, e apenas comportará a linha 13. A estação Aeroporto terá acesso ao estacionamento do aeroporto de Garulhos e comportará a linha 13.